自成立以来，安徽农业科学杂志社在学术界获得了多项殊荣。1995年，该杂志凭借其卓越的科研成果，荣获安徽省优秀期刊三等奖，这是对其在农业领域专业内容的认可。

在随后的几年里，杂志的影响力不断提升。1998年，再次荣膺安徽省优秀期刊三等奖，显示出其在行业内的持续影响力。2002年，更是迈上了一个新的台阶，荣获第三届全国优秀农业期刊奖，标志着其在国内农业期刊领域的领先地位。

进入2005年，杂志的辉煌并未止步，它不仅获得第四届全国优秀农业期刊一等奖，还一举摘得安徽省优秀科技期刊一等奖，这是对其在农业科技研究方面的杰出贡献的极大肯定。2006年，更是锦上添花，荣获第五届全国农业期刊金犁奖学术类一等奖，充分展示了其在学术研究方面的卓越表现。

更为值得一提的是，安徽农业科学杂志社被认定为全国中文核心期刊，这标志着其在国内学术界的重要地位。同时，它也被列入中文科技核心期刊，其学术内容和研究水平得到了业界的广泛认可。此外，它还被收录为中国科学引文数据库（CSCD）的来源期刊，进一步证实了其在科学研究中的影响力和权威性。

最后，2005年的第四届华东地区优秀期刊称号，无疑是对其区域影响力和持续高质量内容的又一有力证明。这些荣誉的累积，无疑为安徽农业科学杂志社树立了坚实的品牌形象，证明了其在农业科学领域的权威和影响力。